Хочу взять билеты у Аэрофлота туда обратно Москва Пхукет, очень уж выгодно выходит у них. Билет обратно будет через 3 месяца.

Могут спросить не билет в Россию через 45 дней, а какой-нибудь билет из Таиланда через 45 дней. Вот и покажите им билет в Малайзию, если спросят.

Так вы им и покажите билет в Малайзию, а не обратно в мск. Главное, чтобы в течение 45 дней покинули Тайланд, остальное им без разницы. А могут и вообще не попросить показать билет.