Если плачу (как удаленный сотрудник) в Узбекистан 12% подоходного налога. То мне могут отказать в налоговом резидентстве в Малайзии и заставят платить все 30%? Здесь я оффлайн сотрудник.

В малайзии налоговое законодательство - сложное. Но мне кажется, что им без разницы где вы что до этого были, главное что в данный момент вы находитесь физически, работаете и получаете доход в малайзии. И если этот срок будет больше полу года то вы становитесь налоговым резидентом и платите по прогрессивной шкале.