если я работаю в армянской компании официально Должна ли я выплачивать ещё 13% в Россию ? Если я тут и так плачу налог ?

Если вы налоговый резидент Армении и получаете доход на территории Армении, то НДФЛ 13% платить в РФ не надо. Но если у вас в этом случае будет доход на территории РФ, то готовтесь отдать 30% НДФЛ (ставка неризендта).