В израильском паспорте нет отметки о въезде в Россию . Значит у меня есть и рос паспорт. И эстонцы это прекрасно понимают.

Прочитайте в интернете, как работать с двумя паспортами. Из России вы выезжаете по рос паспорту, в Эстонию входите по Израилу и все решено. Никаких вопросов не будет. .

Понимать они могут много чего, но это не отменяет, что для них вы израильтянин. Ну, и чисто гипотетически, вы можете выехать из России по какому-то второму, не-российскому, паспорту.