Не получается сделать иин в Казахстане, уже второй раз отказывают по российскому паспорту. У кого нибудь было такое?

У знакомых было. Подавайте 3ий раз и смотрите чтобы не было ошибок когда проверяете документы.

Проверьте соответствии нотариальному переводу на латиницу, иногда ошибки в вводе информации. Ещё бывают проблемы с местом рождения. Особенно если вы родились в СССР или в Крыму. Надо указывать нынешнее название место рождения. Ну и качественный скан документов нужен.