Мы хотим на авто из Черногории переехать в Хорватию, и остаться в Хорватии. Его надо регистрировать там? или растаможку делать?

Я может конечно ошибаюсь, но, черногория это не евросоюз, поэтому зарегистрировать здесь сделку на европейские номера вы просто не сможете.