Если я проезжал границу Армении по российскому паспорту внутреннему, на сайте воркпермит надо тогда российский указывать?

От меня требовали тот паспорт, данные которого в трудовом договоре указаны (в моем случае российский, хотя изначально отправлял скан заграна)

Для некоторых ситуаций в Армении (точно для ВНЖ, но может ещё и для банков, не уверен) нужен ваш загранпаспорт с отметкой о пересечении границы. Если въезжали по внутреннему - то придётся по нему выехать и снова въехать по загранпаспорту. Например на день в Тбилиси или любой другой КПП в Грузию. И сразу назад.