У знакомой два действующих загранпаспорта, один в РФ, другой с ней в Турции.

Покажите пограничникам паспорт с визой, а из Турции выезжайте по тому паспорту по которому заехали

Из турции нужно выехать по паспорту по которому въезжали, в Германии показать паспорт в котором виза. Перемещается человек, а не паспорт, поэтому проблем быть не должно, в крайнем случае попросят второй паспорт. У меня лично никогда не просили, каждая страна контролирует свои правила въезда выезда.