Транзитом нужно будет остановиться в Алматы на несколько дней. Самолет в 6: 35 утра, вопрос: как там с транспортом, такси ночью ходит скажем так в 3: 00?

Яндекс такси везде всегда ходит. Просто ночью старайтесь начать заказывать пораньше, что бы искало среди спящщих побыстрее. Есть такси регион , ЭКО, и по интернету порыскайте таксопарки обычные.