Как лучше добраться из Парижа в Прагу? Есть французский 5-летний шенген. Аэропорт отпадает, правильно? Поезда? Автобусы? Или через Вену, а потом поезд?

Из ЕС в Чехию можно напрямую. Даже самолетом. Из неЕС нельзя напрямую.

Автобусом посмотрите. Прямой из Парижа идёт 14 часов. Я ездила в Страсбург из Праги и обратно, 10-12 часов в одну сторону. Если по времени устраивает, то это (плюс) и бюджетнее.