Первый въезд в ЕС был в Латвию по внутреннему украинскому паспорту, выезд через Литву. Есть ли вероятность ещё раз заехать в ЕС через Польшу по внутреннему украинскому паспорту?

Шанс практический нулевой. Вас должны были предупредить, когда выезжали из ЕС.

Шанса нет, впускают один раз, об этом предупреждают на границе на выезде, да и в правилах пересечения написано что это работает один раз.