Бумага из мигри не является визой или основанием для пересечения границы.

Но если есть виза, есть основания для пересечения, то почему должны у таможенников быть вопросы? Просто по визе туристической можно находиться не более 90 дней в полгода. И если они истекли, а ВНЖ ещё не готов, то не пропустят. Или например виза истекла. Находиться в фи можно, пока ждёшь. Но для пограничников это не документ.