Подскажите, пожалуйста, если у меня в приложении Яндекс такси привязана российская карта (не мир) при заказе такси в Армении с неё спишутся деньги? Или лучше наличными оплатить?

Да, всё работает.

Столкнулись с тем, что уже несколько раз при попытке оплаты картой таксисты отменяют сами заказ. Нам местные пояснили что это связано с какими то заморочками с безналичными выплатами Яндекса таксистам потом. Это не всегда, случается, но бывает.