планируем въезжать в Португалию по Испанскому шенгену через открытие в Испании. Если, будучи в Португалии, виза закончится - на неё будут распространяться автоматические продления от sef?

Да, и это не автоматмческое продление - а разрешение легально находится на территории Португалии до 31го декабря, но есть нюанс потом с испанской визой если у вас большинство дней будет по визе не в той стране чью визу вы получали, то будут прлблемы с дальнейшим получением шенгенских виз.