Подскажите такой момент. Вот мы платим за квартиру на пол года вперед. А что будет, если нам не дадут ВНЖ ? Бывали ли такие случае ? И возвращают ли деньги ?

У них должны быть основания для отказа, если в доках все чисто - никто не будет вам отказывать.

Думаю, если только сможете договориться с хозяином и пересдать жильё. ему ведь ответственность за неполучение вами ВНЖ не упёрлась:)