Подскажите, читаю, что въезд в Баку только с сертификатом о вакцинации, а если транзит (пересадка, несколько часов выход в город), подойдет ли пцр тест?

Нет.

Если у вас транзит, и вы не покидаете зону транзита, и в конечной точке нет требований по ковид, то не нужен сертификат. Если вы выходите в город, то действует правила въезда в Азербайджан.