Приехали в Португалию пару дней назад с Франции, в аэропорту Франции отметку о выезде поставили, а в Лиссабоне о приезде не поставили - я спросила где паспортный контроль, а мне сказали его нет, идите за чемоданами и на выход.

Внутри шенгенской зоны не ставят.

Никогда не слышал об отметках внутри шенгена уверены что штамп?

Внутри шенгенской зоны нет регулярного пограничного контроля.

Мб вы имели в виду "в аэропорту Франции отметку о въезде поставили"? Внутри шенгена не ставят отметок, я из Франции прилетел в Португалию, никаких отметок нет.