Подскажите пожалуйста, я гражданка РФ, оформила регистрацию на 90 дней, если я выезжаю через 50 дней, в следующий раз заехать в Казахстан смогу не раньше чем через 90 дней?(или неизрасходованные дни как-то остаются?)

Вы без проблем можете заехать обратно хоть сразу. для граждан РФ нет перерыва в 90 дней как и ограничения в 180 дней за год. Есть некоторые несовпадения в том что говорят официальные лица, но на практике все люди ездят туда и обратно и никаких вопросов не возникает.