Можно ли вылетев из России по внутреннему паспорту и показав по прилету в Армении загран, вернуться в Россию по загранпаспорту, не будет в России в аэропорту вопросов, ведь штампа о вылете из России в загранпаспорт нет?

Вообще такое не очень приветствуется хотя по вашей схеме проблем не должно быть.

Я так летала , по прилёту в Москве спросили есть ли второй паспорт, ответила что да, въезжала по внутреннему , возвращаюсь по заграничному .