как считаются дни пребывания в Казахстане? Ко мне жена прилетает на 2 недели и потом улетает назад в РФ.

Насколько я понимаю, только во второй. В первый раз не обязательно если ваша жена будет находиться в РК менее месяца.

Регистрацию делайте когда приедет на постоянное проживание, если находится до 30 дней регистрацию не нужно делать.

90 дней начинается со дня пересечения границы. Во второй раз прилетит - заново 90 дней. Не получится.