кто-нибудь летал в Германию в последнее время не с немецкой визой, а шенгеном, выданным другими странами, не было проблем?

Его не пустили, потому что при въезде по однократной нужно доказывать пограничнику, что едешь в страну, выдавшую визу (в данном случае - Португалию) и Германия для тебя транзит. Видимо, он не смог. Если у вашей мамы многократный шенген по которому она уже бывала в стране, выдавшей визу, то проблем не будет.