если получить студенческий внж и продлевать его еще два года, можно ли потом остаться по оседлости? Или это нужно именно нелегально находиться в Испании 3 года чтобы по оседлости?

Нет, то время что вы живёте как студент не засчитывается для ВНЖ по arraigo.

Нужно находиться нелегально на момент подачи на аррайго и до этого три года непрерывно в Испании. В каком статусе вы были в течение этих трёх лет, значения не имеет.