Если потрачено 40 дней в странах Европы по Шенгену, на Кипр остаётся 50 дней? Консульство ответило, что дни , проведенные в Шенгене, суммируются с днями на Кипре, в итоге 40+50=90 дней.

90 ОК.

Консульство не в курсе дела, они перепутали с нахождением на Кипре по шенгену и национальной визе - это действительно суммируется. Вот такие сотрудники.

Шенген отдельно, Кипр отдельно. Может на въезде на Кипр спросить у пограничника. Вдруг что-то втихоря поменяли. Но до этого люди спокойно жили 90 в шенгене и 90 на Кипре по мультишенгену.