Если я лечу в Индию София+Доха-Гоа, хочу выйти в город, меня потом на рейс Доха-Гоа посадят с ПЦР из Софии (по времени он ещё будет действовать) или нужно сдавать новый в Дохе?

Если будет действовать то да, но дополнительно посмотрите закреп, зарегестрируйте пцр и данные по ссылке. Загрузите приложение Ehteraz на телефон и по прилету в Доху активируйте в аэропорту.