Подскажите, пребывание больше 90 дней чем грозит кроме штрафа? И через сколько потом можно будем вновь в Турцию прилететь?

Кроме ремня, могут еще ограничит въезд от месяца до года.

90 дней это с visa run.

Конкретные случаи рассматриваются отдельно. Можно просто штраф заплатить, а могут и запрет на въезд поставить.