Подскажите, в пендулини где графа паспорт надо вводить загранник, или российский на который сделан сертификат?

Загран, вы же по нему летите. И в сертификате должен быть он же. Если у вас из госуслуг, то внесите туда данные заграна и выгрузите сертификат заново.

Данные своего загранпаспорта внесите в Педули и сертификат после обновления распечатайте на английском.