Берётся ли какой-т налог при регистрации в квартире человека, прибывшего в Казахстан?

Нет, это бесплатно.

Конечно есть, если человек регит нерезидента в своей квартире, значит получает доход с аренды... эта инфа видна автоматом в налоговой.

Едва ли. Вы ведь можете приехать к друзьям или родным. Само уведомление не означает, что вы остановились за деньги.