Подскажите, после регистрации у себя мигрантов, по истечении 90 дней что с ними делать дальше? Они обязаны покинуть страну?

У человека должно быть оформлено РВП за эти 90 дней, которые позволят оставаться ему дольше.

Административный штраф, затем при повторном ужесточение наказания.

Им надо трудовые договора составит, и потом каждые 90 дней вы можете съездить в миграционку и продлевать им прописку.