в какой стране вообще можно сделать визу в Японию, если не в России? Или например доки подать в России, а получить уже в другом месте.

Знаю человека, который из Турции оформлял визу в языковую школу, но у него там родственники были. А вообще, по идеи, из любой страны, если есть основания нахождения в этой стране.