Подскажите, пожалуйста, если начать делать ВНЖ при нахождении в Турции более 40-50 дней из положенных 60, с учётом того, что срок на оформление ВНЖ до 90 дней, период ожидания как-то легализован?

Если запишитесь на рандеву до истечения 60 дней, то далее уже будете находится до получения/отказа легально, при отказе будет дано 10 дней на выезд, никаких штрафов.

Используйте поиск, там есть ответы на все ваши вопросы Находится легально можно до того как подадите документы на ВНЖ, потом эти 60дней приостанавливаются до решения миграционной службы. Штрафа при выезде нет, просто потом не сможете въехать на этих номерах 185 дней на территорию Турции.