если муж приедет в Турцию 3 октября, а я 30 октября, и потом мы вместе подадим документы на ВНЖ, супругу хватит оставшихся 30 дней на всё? Или лучше нам вместе выехать в другую страну, потом снова заехать в Турцию и "обнулиться"?

С момента подачи заявки на внж вы находитесь в Турции легально, хоть в 59 день нахождения подадитесь)

Будет зависит от того сколько времени у вас уйдёт на поиск жилья и прочие вопросы. Времени хватить может, а может и нет. Так что общее правило — чем раньше, тем лучше.