Я гражданин рф, хочу проехать на автобусе в Латвию через Эстонию, у меня Шенген на 5 лет и бабушка с дедом находящиеся в Латвии, с видом на жительство в Латвии, соответственно как думаете, пройду границу ?

Эстонцы не пустят. Мне они ответили, что транзит только для следующих к постоянному месту жительства (то есть ВНЖ)

Вас не пустят ни эстонцы, ни латыши. В Латвию к близким родственникам пустят только если она подданные Латвии, Паспорта гражданина или фиолетовый, негражданина. Если ВНЖ- не пустят, уже если случаи в Терехово, людей развернули. Свои не остановят. Но латыши не впустят. Возможно, через Турцию сможете.