По прибытии в Баку, на контроле могут ли пропустить без сертификата о вакциинации, с пцр?

Нет.

У меня сертификат был, но я долго его доставал (при этом очевидно что выглядел уверенным так как он меня был), в итоге меня пропустили так чтобы не задерживал. Но конечно не рекомендую так делать.