Планирую переезжать в Португалию ( я, жена и ребенок 15лет) с последующим получением гражданства.

Да, вы правильно поняли. Если легализовываться уже внутри страны (88.2 и 89.2), то с момента окончания тур. шенгена до получения карточки внж выезжать из Португалии нельзя под срахом аннулирования процесса. В случае с Германией можно ездить на машине, но на свой страх и риск - если немцы поймают, то вероятно выдворят. Если нет возможности ждать, подайтесь на Д2/Д7 в Москве, вам дадут визу, которую вы в Португалии быстро (120 дней) поменяете на карточку внж, с которой можно ездить куда угодно.