Получил отчет WES и один из моих дипломов оценили как completion of advanced graduate study and research я это должен указывать как мастер при заполнении анкет? Диплом магистра оценили как мастер.

Здесь было бы слово мастер в "completion of advanced graduate study and research", если бы это было эквивалентно мастеру. вы получить баллы можете всё равно только за один вид диплома, значит указывайте тот, что оценён именно как мастер.

Это у вас просто получается аспирантура без защиты кандидатской. В ЕЕ этого уровня нет. Я не помню, что идет после мастера, скорее всего сразу phd и идет. Если там нет варианта other, можете выбрать мастера, поставить, что есть ECA и дать номер, а уже после ITA в LoE объяснить, почему такой выбор сделали (потому что промежуточного варианта между магистром и phd в градации ЕЕ нет).