как будет работать ETIAS для натурализованных граждан? будет отказано в попытке въехать по паспорту аргентины и надо будет по паспорту места рождения?

Нет не будет. Если несколько ETIASных паспортов, то можешь привязать только один из них и обязан вьезжать именно по нему. НеETIASные паспорта в расчет не берутся.

Единственная фраза, которую я нашёл на сайте ETIAS - это то, что гражданам с двойным гражданством въезжать надо с тем паспортом, данные которого указали в запросе.