Могут ли быть проблемы при репатриации из-за нотариально заверенных копий СОР и свидетельства о браке родителей, дедушки и прабабушки, прадедушки, так как дедушка и бабушка живы и им нужны эти документы?

Если для КП, то попросите документы оригиналы - потом им вернёте. Если категорически нет, то даже фотокопии пойдут, тем более нотариально заверенные документы. Если они повторные, то не забудьте взять в ЗАГСе расширенные справки.