Если заехать в Албанию до 30 сентября, в безвизовый период, а выехать уже в октябре, не будет проблем с выездом?

Полагаю, что будет. Правило касается не только безвизового въезда, но и безвизового пребывания. пребывание без визы в стране после 30 сентября будет нарушением.