Подскажите с национальной визой ФРГ смогу ли я проехать наземным транспортом Москва-Калининград-Вильнюс-Варшава-Берлин? Или должен выехать исключительно через границу Германии?

С национальной визой можно въезжать через другие страны, ничего страшного.

По вашему маршруту да. главное учитывайте национальные/ковидные ограничения стран шенгена на внешние границы. Польша например сухопутно с визой D немецкой не пропустит (если из Калининграда в Гданьск срезать попытаться)