Подскажите пожалуйста, какую визу оформлять, если планировать зимовку на Бали и работать удаленно на компанию, которая зарегистрирована в РФ и не имеет к Индонезии никакого отношения?

Смотрите сами: существуют бизнес и туристические визы. Выдаются на 60 дней с возможностью продления 2 раза по 60 дней. Такие визы можно оформить в агенстве

Работать можно только по Китасу. Официально. Неважно на какую компанию. Далее думайте сами. Для проживания можете оформит визу В211А - на 60 дней с возможностью 2 х продлений по 60 дней А можете виза по прилету на 30 дней плюс одно продление ещё на 30, а потом визаранить.