Получается же что виза истечёт до того как подамся на ВНЖ, но уже открою ИП, что с этим делать?

Можно и так и так. Подаваться можно после первой сдачи налогов по ип, т. е. через три месяца.

Наверно стоит ещё иметь в виду, что вы можете не успеть открыть ИП за 30 дней. Потому что для ИП нужен португальский банковский счёт, а это дело непростое.