если прошло 60 дней пребывания в турции и если подавать документы на икамет, это как повлияет на решение? могут из-за этого отказать?

Вы граждане РФ? После 60 дней вы не можете подавать, нарушаете свои положенные по закону сроки пребывания. Подавать на внж нужно, находясь в стране легально.