Подскажите, если человек сейчас, находясь на Кипре по рабочей визе и имея права на налоговые льготы, получает себе LTPR или оформляет гражданство, то сохранятся ли у него эти льготы в дальнейшем?

Не должны. Налоговые льготы действуют также и для граждан Кипра. Будем в этом году нанимать натурализованного киприота, переезжающего из ЮК - бухгалтер подтверждает first employment на Кипре со всеми плюшками.