Приехал в мае, пора продлять визу, предлагают разные варианты по ценам продлить 3кк, или же сделать не выезжая новую визу за 2,5кк, не понимаю в чем разница(не никто не объясняет, кто сталкивался?

Визу продлевают у агенства, которого делали, с другими могут быть проблемы.

Наверное наоборот? Продлить 2,5, а новую. ближе к трем. Ну обычно это так работает. Но вам нужно слушать то агентство, которое у вас по продлению. А если новую хотите, то можете сменить агентство, да.