В отелях заезд обычно в 14.00, выезд в 12.00. Если я со своими рейсами не умещаюсь в эти рамки, то нужно оплачивать дополнительные сутки?

Чаще всего да, если не получиться договориться с отелем.

О раннем заезде можно попробовать договориться заранее, позвонив в отель О позднем выезде при заселении, обычно размешают остаться лишних 2-3 часа без оплаты)