Будут ли ходить автобусы люкс экспресс Таллин-Питер (тем более в том же режиме), или есть смысл вернуть билет и ближе к дате взять новый, если я планировала лететь в Италию через Эстонию в конце сентября, но поменяла билеты и взяла через Стамбул?

Думаю, что автобусы ходить будут, т. к. есть и останутся категории людей, которые смогут продолжить поездки: обладатели нескольких гражданств и ВНЖ, студенты, люди, посещающие родственников, и т. д. Возможно, изменится количество рейсов в меньшую сторону. Если Ваш рейс «оптимизируют», Вам предложат сдать или обменять билеты. Плюс, я думаю, что тот путь, который Вы избрали, скоро станет новым мейнстримом: улететь за много денег через Стамбул, вернуться привычным образом через Эстонию.