Супруг по рождению — не еврей и собирается остаться в РФ. У нас план такой — я с детьми уезжаю, муж по разным причинам хочет остаться в РФ.

Это проблема в любом случае, она может быть разной в зависимости от того, будет к вам потом приезжать муж или нет: 1) вам могут не дать гражданство без мужа или свидетельства о разводе (зависит от консула, но такие кейсы были) 2) муж не получит гражданство, если приедет позже, только по пятилетней процедуре ступро (а вот это уже без вариантов)

Лучше всего вам пройти вместе КП, всем получить гражданство Израиля и потом пусть муж улетит. Тогда и на КП никаких проблем, и если муж передумает, всегда сможет спокойно к вам приехать.