Я подавал документы на внж в турции, уже 2 месяца они находятся в обработке плюс почти месяц ждал рандеву, до сих пор ответа нет.

Категорическое да. Срок пребывания считается ДО подачи заявления на получение ВНЖ. При выезде вы должны объяснить почему нарушен режим пребывания. Если вы подали документы но не дождались икамета, то в миграции надо взять справку когда были поданы документы на получение ВНЖ (либо что есть заполненное заявление на сайте и вы ожидаете рандеву)