пока рассматривают ходатайство на внж дни визы считаются?

Вроде как да, поэтому обычно на внж подают как минимум за 3 месяца до окончания визы (но могу ошибаться, я не эксперт).

Да. Но по опыту моих товарищей, если находишься в Эстонии и ждёшь внж, но виза кончается, ничего страшного не будет.

Да.