есть ли такое понятие в реальности как административное молчание? Вроде бы, если в течение 3х месяцев они молчат то это уже что-то означает само по себе или согласие или отказ

Административное молчание есть, но в случае с подачей на нолукративу оно, вроде бы, отрицательное. Так что ничем вам не поможет. Если бы для этого типа резиденции оно было положительным, то спустя 3 месяца вы могли бы написать “Всё, ваше время вышло, давайте мне моё фаворабле”. Но когда оно отрицательное, то, насколько я понимаю, спустя 3 месяца вы можете либо продолжить ждать и надеяться на позитивный исход, либо подавать апелляцию, т. к. по прошествии этого времени можно считать, что вам формально уже отказали (хотя реально вам еще не отказывали и не факт, что откажут)

Нет, это только для продления работает.